如何使用npm保持node_modules和包的依赖关系？

当你使用npm并保持node_modules清洁时，你在做什么？ 当我使用npm安装各种库或插件（没有深入思考）的时候，我总是恼火于软件包依赖变得混乱，node_modules变得臃肿。

我总是尝试下面的命令…

$ npm outdated （检查更新）

$ npm update Some-Package （更新）

$ npm dedupe （简化依赖关系）

$ npm prune （删除不必要的软件包）

然后

$ npm Init

我想让你知道，如果有其他推荐的方法或这样的做法。 谢谢。